دانلود پروپوزال آماده: استنتاج شبکه های تنظیمات ژنی از روی داده های سری زمانی Microarray به وسیله شبکه های بیزین دینامیک

 فرم پروپوزال پر شده و تکمیل شده نیمه رایگان کارشناسی ارشد و دکتری آماده برای انجام پایان نامه و درس روش تحقیق برای رشته های مختلف

مهندسی کامپیوتر- هوش مصنوعی

قسمت هایی از پروپوزال:

۱- بیان مسأله:

در هر سلول یک ارگانیزم زنده، هر لحظه، هزاران ژن با هم در ارتباط هستند تا فرآیندهای پیچیده زیستی را انجام پذیر سازند. شبکه های تنظیم کننده ژنتیکی^[۱] مجموعه ای از قسمت های DNA در سلول می باشد که به طور غیر مستقیم (به وسیله RNA یا پروتئین های تولیدی) با یکدیگر و مواد دیگر درون سلول ارتباط دارند و بدین طریق سرعت رونویسی^[۲] از روی ژن ها را برای تشکیل mRNA کنترل می کنند. هر مولکول mRNA یک پروتئین خاص با کارایی خاصی را تولید می کند. بعضی از پروتئین ها فقط برای فعال یا غیر فعال کردن ژن ها استفاده می شوند. این گونه پروتئین ها فاکتورهای رونویسی^[۳] نامیده می شوند و اصلی ترین نقش را در شبکه تنظیم ژنی ایفا می کنند. به بیان دیگر شبکه تنظیم کننده ژنتیکی مجموعه ای از ارتباطات ژن-ژن است که رابطه علت و معلولی را در فعالیت های ژنی ایجاد می کند. دانش ما در مورد این شبکه ها نقش بسیار موثری در شناخت فرآیندهای زیستی ایفا می کند و می تواند باعث کشف روش های جدید برای درمان بیماری های پیچیده و تولید داروهای اثر گذار گردد. از این رو تشخیص و مهندسی معکوس شبکه های تنظیم کننده ژنتیکی به یکی از مهم ترین زمینه های تحقیقاتی تبدیل شده است [۱].

عموماً برای تشکیل شبکه های تنظیم کننده ژنتیکی از داده های Microarray استفاده می کنند. Microarray یک تکنولوژی است که قابلیت اندازه گیری هم زمان میزان بیان^[۴] mRNA مربوط به هزاران ژن را بوجود آورده است و می تواند اطلاعات مربوط به ارتباط ژن ها را در سطح ژنوم در اختیار ما قرار دهد [۲]. اما راه حل ساده ای برای تشخیص شبکه های تنظیم کننده ژنتیکی از روی داده های Microarray وجود ندارد. در بیشتر موارد تعداد مجهولات مسئله بسیار زیاد است. این در حالی است که تعداد کمی داده در اختیار داریم. همچنین در بسیاری از موارد میزان خطا در اندازه گیری های موجود بالاست و یا با مشکل عدم وجود اندازه گیری برای بعضی از متغیرها مواجه هستیم.

داده های Microarray را می توان به دو نوع ایستا[۵] و سری زمانی[۶] تقسیم نمود. حالت اول تصویری است از بیان ژن ها در یک لحظه و شرایطی خاص. در حالت دوم بیان ژن ها در یک فرآیند درون سلولی در طول زمان اندازه گیری می شود. این سری های زمانی منعکس کننده فرآیندهای دینامیک درون سلولی هستند. اکثر روش های اولیه ای که برای آنالیز داده های سری زمانی Microarray استفاده می شدند در واقع روش هایی بودند که برای داده های ایستا طراحی شده بودند. در چند سال اخیر روش هایی برای کار با داده های سری زمانی به طور خاص مطرح شده اند که قادرند علاوه بر حل مشکلاتی که مخصوص داده های سری زمانی هستند، از ویژگی های منحصر به فرد این گونه داده ها نیز استفاده کنند. با این حال کار کردن با داده های سری زمانی نیازمند ظرافت و دقت بیشتری نسبت به داده های ایستا است و عمل مهندسی معکوس شبکه های تنظیم کننده ژنتیکی در این موارد مشکل تر است.

……………………………

۲- اهمیت و ضرورت تحقیق:

……………………………

۳- پیشینه تحقیق:

……………………………

۴- اهداف تحقیق:

…………………………………….

…………………………………..

۵- فرضيه ‏هاي تحقیق:

…………………………………….

…………………………………..

۶- مدل تحقیق

…………………………

……………………………..

۷- سوالات تحقیق:

…………………………………….

…………………………………..

۸- تعريف واژه‏ها و اصطلاحات فني و تخصصی (به صورت مفهومی و عملیاتی):

…………………………………….

…………………………………..

۹- بیان جنبه نوآوری تحقیق:

………………………….

…………………………….

۱۰- روش شناسی تحقیق:

الف: شرح كامل روش تحقیق بر حسب هدف، نوع داده ها و نحوه اجراء (شامل مواد، تجهيزات و استانداردهاي مورد استفاده در قالب مراحل اجرايي تحقيق به تفكيك):

………………………….

…………………………….

ب- متغيرهاي مورد بررسي در قالب یک مدل مفهومی و شرح چگونگی بررسی و اندازه گیری متغیرها:

…………………………………….

…………………………………..

ج – شرح کامل روش (ميداني، كتابخانه‏اي) و ابزار (مشاهده و آزمون، پرسشنامه، مصاحبه، فيش‏برداري و غيره) گردآوري داده‏ها :

…………………………………….

…………………………………..

د – جامعه آماري، روش نمونه‏گيري و حجم نمونه (در صورت وجود و امکان):

…………………………………….

…………………………………..

ر- روش نمونه گیری و حجم نمونه:

…………………………………….

…………………………………..

ز- ابزار تحقیق:

…………………………………….

…………………………………..

هـ – روش‌ها و ابزار تجزيه و تحليل داده‏ها:

…………………………………….

…………………………………..

منابع :

…………………………………….

…………………………………..

آسان داک: www.Asandoc.com

دانلود نمونه پروپوزال تکمیل شده، پروژه پر شده، طرح پیشنهادیه آماده

[۱] Gene regulatory networks

[۲] Transcription

[۳] Transcription factor

[۴] Expression level

[۵] Static

[۶] Time-Series